Sejarah Desa Kedungharjo dulunya ada sebuah sumber air yang menggenang (waduk) yang amat dalam ( Jawa Kedung ),dan ditempat itulah terdapat sarang Buaya (Jawa “BOYO”),Maka Sejak tahun 1932. Kedua nama tersebut ( Kedung dan Boyo) dijadikan sebuah  nama  desa yakni Kedunghboyo. Karena adanya perubahan dan kemajuan jaman dan agar tidak menimbulkan kesan yang menakutkan,Maka nama Desa Kedungboyo menjadi Desa Kedungharjo sampai sekarang. Sejak tahun 1932 yang menjadi kepala desa pertama adalah Bapak H.Mastur sampai tahun 1940, kemudian diteruskan oleh kepala desa yang kedua yaitu Bpk. H.Ahmad mulai tahun 1941 sampai tahun 1964. Sedangkan sejak tahun 1965 sampai tahun 1987 desa Kedungharjo dipimpin oleh Bpk.Asngari, lalu diteruskan oleh Bpk. H.Sukresno Tahun 1988 sampai tahun 2006. kemudian tahun 2007 oleh Ibu Endang Dwi Yuni P sampai tahun 2019. Untuk sekarang ini  Kepala Desa diduduki bapak H.Zubaidi.
Silsilah pimpinan/Kepala Desa hingga sekarang adalah sebagai berikut: 

1. H.Mastur  ( tahun 1932 S/d 1940 - 8 tahun)
2. H.Ahmad (tahun 1941 s.d 1964 – 23 tahun )
3. Asngari  (tahun .1965 s.d 1987 – 22 tahun )
4. H.Soekresno   (tahun 1988.s.d 2006 – 18 tahun )
5. Endang Dwi Yuni P   (tahun 2007 s/d 2019 – 12 tahun )
6. H.Zubaidi (tahun 2019 s/d 2025)